Os Cristãos estão sujeitos a perseguições violentas e discriminação, muitas vezes directamente ligadas à famosa lei da blasfémia do Paquistão, que são amplamente usadas e abusadas. Houve 224 vítimas cristãs da lei da blasfémia desde que esta foi aprovada em 1986. O caso mais conhecido foi o de Asia Bibi, que, após 10 anos presa, incluindo muitos anos no corredor da morte, foi finalmente absolvida pelo Supremo Tribunal, em Outubro de 2018. Asia Bibi acabou por abandonar o Paquistão em Maio de 2019 para iniciar uma nova vida com a sua família no Canadá. O facto de as sentenças de culpa por blasfémia implicarem a pena de morte e os islamitas radicais estarem a ganhar mais poder político na região fazem com que os Cristãos vivam a temer pelas suas vidas. As conversões ao Cristianismo, sobretudo a partir do Islamismo, implicam um risco enorme. Ocorreram ataques a igrejas em vários locais.
Os Cristãos também sofrem discriminação institucionalizada. Os empregos considerados menores, sujos e humilhantes são frequentemente ocupados por Cristãos – por exemplo, os trabalhadores cristãos constituem uma fatia muito elevada da força de trabalho nos esgotos e na limpeza de estradas, apesar de constituírem apenas 1,5% da população. Muitos Cristãos são extremamente pobres e alguns são vítimas de trabalho escravo. Contudo, os Cristãos de classe média também sofrem marginalização e perseguição. Na região do Punjab, as raparigas cristãs e hindus continuam a ser raptadas e forçadas a casar.
